Trong các thế kỷ XVI - XVIII, đất Nam Định thuộc Bắc triều dưới sự kiểm soát của nhà Mạc, rồi thuộc Đàng Ngoài dưới triều Lê - Trịnh và thuộc Bắc Hà dưới triều Tây Sơn.
Để tăng cường cho vùng đất Dương Kinh, triều Mạc lấy bớt các phủ Thái Bình, Kiến Xương, Long Hưng và Khoái Châu của Trấn Sơn Nam nhập vào trấn Hải Dương. Đất Nam Định gồm hai phủ Nghĩa Hưng và Thiên Trường vẫn thuộc trấn Sơn Nam. Thời Lê - Trịnh, năm Cảnh Hưng thứ 2 (1741) chia trấn Sơn Nam làm hai lộ Sơn Nam Thượng và Sơn Nam Hạ, lấy bớt hai phủ của trấn Sơn Nam cũ là Trường Yên và Thiên Quan đặt làm lộ Thanh Hoa ngoại. Vùng đất Nam Định thời này thuộc lộ Sơn Nam Hạ. Đến đời Tây Sơn tiếp quản và cai trị Bắc Hà, đổi lộ thành trấn. Nam Định thuộc trấn Sơn Nam Hạ. Mặc dù có lúc gọi là lộ hay trấn, vùng đất Nam Định vẫn thuộc Sơn Nam hạ và nằm trọn trong hai phủ Thiên Trường và Nghĩa Hưng, mỗi phủ gồm 8 huyện.
Nằm ở vùng cửa sông, có vị trí chiến lược quan trọng, lại có đồng bằng trù phú, đông người nhiều của, đã từng có kho lương thực và vũ khí rất lớn ở Vị Hoàng, Nam Định đã chứng kiến rất nhiều trận chiến lớn, ác liệt giữa Nam - Bắc triều, Trịnh - Tây Sơn. Các trận chiến diễn ra ở vùng đất này chủ yếu là thuỷ chiến.
Tháng 9 năm Đinh Tỵ (1557) Trịnh Kiểm từ đất Thanh Hoá đem 5 vạn quân thuỷ bộ đánh vào trung tâm trấn Sơn Nam. Quân Trịnh ồ ạt tiến đến sông Phượng Sí (vùng huyện Nam Trực ngày nay), bắc cầu phao qua sông, phá tan quân Mạc, bắt được tướng nhà Mạc là Khánh Quốc công, quân Mạc tan vỡ. Trịnh Kiểm để Khánh Quốc công ở trên mình voi đem đi theo quân để chỉ đường. Về sau viên tướng Mạc này mưu phản, việc bị lộ và bị Trịnh Kiểm giết. Quân Trịnh do Phạm Đốc và Vũ Lăng hầu Phạm Đức Kỳ chỉ huy tiếp tục tiến đánh miền huyện Giao Thuỷ (Nam Trực và Trực Ninh ngày nay) là miền hạ bạn của trấn Sơn Nam. Quân Mạc sau lần thất bại trước đã cử một viên tướng rất dũng mãnh là Nguyễn Quyện ra đánh quân Trịnh ở sông Giao Thuỷ. Nguyễn Quyện và Phạm Đức Kỳ giao chiến trực diện trên sông. Phạm Đức Kỳ hăng hái nhảy sang thuyền của Nguyễn Quyện. Nguyễn Quyện cầm gươm chém, Phạm Đức Kỳ phải nhảy vội xuống nước. Nhân cơ hội đó, Nguyễn Quyện nhảy sang thuyền của Phạm Đức Kỳ, chém được đầu người cầm dù bên quân Trịnh rồi hô to lên là đã chém được đầu Phạm Đức Kỳ. Quân Trịnh tưởng thật, hoảng sợ nhảy cả xuống nước, bỏ thuyền chạy trốn, quân tan vỡ. Quân Mạc thừa thắng đuổi theo. Trịnh Kiểm phải ra lệnh thu quân rút lui. Quân Mạc đem người chẹn lối về mà đánh tiếp. Quân Trịnh bị giết vài chục viên tướng, binh lính mất quá nửa, thuyền bè, khí giới bỏ lại hết
Sau một thời gian củng cố lực lượng, năm Mậu Ngọ (1558) Trịnh Kiểm lại thân cầm đại quân bất ngờ đánh vào miền giữa trấn Sơn Nam, bắt được tướng nhà Mạc là Anh Nhuệ hầu đưa về hành tại Yên Trường (thuộc Thanh Hoá ngày nay) rồi giết chết.
Năm Giáp Tý (1564), quân đội nhà Lê do Trịnh Kiểm trực tiếp chỉ huy lại đánh ra Sơn Nam ở các huyện thuộc phủ Trường Yên (Ninh Bình). Sau chiến dịch này, quân đội Lê Trịnh đã làm chủ một phần trấn Sơn Nam từ sông Cái về phía Tây. Cho đến năm 1592 quân Nam triều đã làm chủ cả vùng đất phía Tây sông Nhị gồm cả Thăng Long. Nhà Mạc chỉ còn lại từ phía Đông sông Nhị nhưng dân tình rất dao động, thường chạy theo về quân Lê -Trịnh. Giữa lúc đang bị nguy khốn như vậy mà vua Mạc là Mậu Hợp vẫn không từ bỏ thói ăn chơi hưởng lạc và dâm dật. Một viên tướng có tài thuỷ chiến của nhà Mạc là Bùi Văn Khuê đã buộc phải đem quân bản bộ hàng nhà Lê vì Mạc Mậu Hợp mưu cướp vợ ông. Tướng chỉ huy quân Lê - Trịnh rất vui mừng thu nhận và cho Bùi Văn Khuê giữ nguyên chức tước, chỉ huy thuỷ quân đánh lại quân Mạc.
Mất một lực lượng thuỷ quân mạnh nhất, quân Mạc bị suy yếu rõ rệt, phải rút lui giữ sông Phiên Thái (khúc sông Đáy giáp giới hai huyện Ý Yên và Phong Doanh). Chiến sự đã diễn ra rất ác liệt ở vùng bến đò Đoan Vĩ. Quân Mạc do Nam Đạo tướng quân Nghĩa quốc công bắt binh dân các huyện Đại An, Ý Yên, đắp luỹ đất ở bên sông, cắm chông tre ở hai bên bờ sông để chống cự quân Trịnh. Nhưng quân Trịnh đã sai Bùi Văn Khuê ngầm đưa binh thuyền ra cửa sông rồi vòng lên đánh từ thượng lưu, điều các cơ sung tả hữu đánh từ hạ lưu lên, còn Trịnh Tùng đích thân chỉ huy trung quân đánh thẳng vào trung lưu. Quân Mạc bị bất ngờ, trở tay không kịp, tan vỡ bỏ thuyền chạy trốn. Các tướng nhà Mạc là Trần Bách Niên và trên 10 người nữa ra đầu hàng. Quân Nam triều thu được 70 chiến thuyền, khí giới nhiều vô kể. Thừa thắng quân Lê Trịnh tiến vào đóng dinh ở Ý Yên rồi nhanh chóng tiến ra Bình Lục, qua sông Kim Bảng (sông Đáy chảy qua huyện Kim Bảng) tiến lên đánh chiếm Đông Kinh (Hà Nội ngày nay). Vua Mạc là Mậu Hợp phải bỏ thành Đông Kinh mà chạy về Hải Dương, rồi sau đó bị quân Lê - Trịnh bắt giết .
Đến đây về cơ bản cuộc nội chiến Nam - Bắc triều giữa hai tập đoàn phong kiến Lê - Trịnh và Mạc chấm dứt. Bắc triều mặc dù bị đánh bật ra khỏi Thăng Long, vua Mạc đã bị bắt và bị giết, nhưng con cháu và dư đảng của nhà Mạc vẫn tiếp tục tổ chức các cuộc tấn công quân Lê - Trịnh. Về sau quân Mạc rút lên vùng rừng núi Cao Bằng xây dựng cơ sở cát cứ chống lại nhà Lê - Trịnh một vài thập kỷ nữa rồi mới bị dẹp hoàn toàn.
Như vậy, suốt thời kỳ chiến tranh Nam - Bắc triều trên vùng đất Nam Định đã diễn ra rất nhiều trận chiến ác liệt, gây bao nhiêu đau thương tang tóc cho nhân dân. Không chỉ có thế, vừa mới chấm dứt cuộc chiến với nhà Mạc, trong nội bộ triều Lê - Trịnh đã nảy sinh mâu thuẫn mới. Năm 1600, ba viên tướng của quân Lê - Trịnh là Phạm Ngạn, Ngô Đình Nga và Bùi Văn Khuê lại dấy quân chống lại chính quyền ở vùng Đại An (nay là vùng Độc Bộ). Nhân cớ đó, Nguyễn Hoàng giả xin đi đánh dẹp, rồi đem quân bản bộ vượt biển chạy vào Thuận Hoá. Bấy giờ các tướng Phạm Ngạn, Ngô Đình Nga lại đem quân về với nhà Mạc, nhưng do nghi ngờ lẫn nhau, Phạm Ngạn sai người bắn chết Bùi Văn Khuê ở giữa sông. Vợ Bùi Văn Khuê là Nguyễn Thị Hiên tìm cách trả thù cho chồng và đã giết được Phạm Ngạn ở trên sông Hoàng Giang (khúc sông Hồng ở ngã ba Tuần Vường).
Từ năm 1627 đến 1672 chúa Trịnh đã 6 lần lấy danh nghĩa vua Lê đem quân đánh chúa Nguyễn ở phía Nam. Mặc dù không còn là chiến trường trực tiếp trong cuộc xung đột Trịnh - Nguyễn, nhưng đất Nam Định, nơi đặt trường sở (kho lương tiền) Sơn Nam vẫn phải cung cấp lương thực, vũ khí cho các đoàn thuyền quân Trịnh thường xuyên xuất phát từ cửa Đại An theo đường biển tiến vào Đàng Trong.
Theo: Địa chí Nam Định
[links()]
