Trong thế kỷ XVI-XVIII, đất Nam Định thuộc bắc triều dưới sự kiểm soát của nhà Mạc, rồi thuộc Đàng Ngoài dưới triều Lê - Trịnh và thuộc Bắc Hà dưới triều Tây Sơn. Để tăng cường cho vùng đất Dương Kinh, triều Mạc lấy bớt các phủ Thái Bình, Kiến Xương, Long Hưng và Khoái Châu của trấn Sơn Nam nhập vào trấn Hải Dương. Đất Nam Định gồm 2 phủ Nghĩa Hưng và Thiên Trường vẫn thuộc trấn Sơn Nam. Thời Lê - Trịnh, năm Cảnh Hưng thứ 2 (1741) chia trấn Sơn Nam thành 2 lộ Sơn Nam Thượng và Sơn Nam Hạ, lấy bớt hai phủ của trấn Sơn Nam cũ là Trường Yên và Thiên Quan đạt làm lộ Thanh Hoa ngoại. Vùng đất Nam Định thời này thuộc lộ Sơn Nam Hạ. Đến thời Tây Sơn tiếp quản và cai trị Bắc Hà, đổi lộ thành trấn, Nam Định thuộc trấn Sơn Nam Hạ. Mặc dù có lúc gọi là lộ hay trấn, vùng đất Nam Định vẫn thuộc Sơn Nam Hạ và nằm trọn trong hai phủ Thiên Trường và Nghĩa Hưng, mỗi phủ gồm 4 huyện. Nằm ở vùng cửa sông, có vị trí chiến lược quan trọng, lại có đồng bằng trù phú, đông người nhiều của, Nam Định đã từng có kho lương thực và vũ khí lớn ở Vị Hoàng, là nơi diễn ra nhiều trận chiến ác liệt giữa Nam - Bắc triều, Trịnh - Tây Sơn, gây bao nhiêu đau thương tang tóc cho nhân dân. Người nông dân vùng Nam Định liên tục phải đăng lính, xung vào các đội quân tham gia nội chiến. Chiến tranh liên miên, đê điều thuỷ lợi không được Nhà nước quan tâm tu bổ, bọn tham quan thừa hành lại tìm cách bớt xén làm cho đê điều bị xuống cấp nên nạn vỡ đê điều, lụt lội và hạn hán xảy ra thường xuyên.
Vào giữa thế kỷ XVIII, ở vùng Bắc Bộ có rất nhiều cuộc khởi nghĩa nông dân nổ ra, trong đó có những cuộc nổi dậy với quy mô lớn, tiêu biểu như khởi nghĩa của Nguyễn Tuyển, Nguyễn Cừ ở Hải Dương, khởi nghĩa của Hoàng Công Chất ở phía đông lộ Sơn Nam. Trong số đó, trực tiếp có quan hệ đến vùng đất Nam Định là cuộc khởi nghĩa do Hoàng Công Chất cầm đầu nổ ra năm 1739. Cuộc khởi nghĩa của Hoàng Công Chất vừa tạm lắng xuống thì ở đồng bằng Sơn Nam lại có nghĩa quân khác nổi dậy.
Ngày 11-7-1786, quân Tây Sơn do Nguyễn Hữu Chỉnh chỉ huy đã chiếm được Vị Hoàng. Quân Trịnh không chống cự được bỏ chạy. Toàn bộ số lương thực gồm hơn 100 vạn hộc thóc đã nằm trong tay quân Tây Sơn. Ngọn lửa cao báo hiệu cho quân tiến ra. Sáu ngày sau, tức ngày 17-7 năm đó, đại quân Tây Sơn gồm hơn 1.000 chiến thuyền do Nguyễn Huệ thuận gió nồm thổi mạnh cũng ồ ạt kéo ra hợp binh ở Vị Hoàng. Tại đây, Nguyễn Huệ cho thảo hịch phát đi khắp nơi kể tội họ Trịnh tiếm quyền và giương cao sách lược phò Lê được nhân dân ủng hộ. Chỉ trong vòng 10 ngày nhân dân các huyện quanh thành Vị Hoàng đã tập trung công sức xay lúa, giã gạo và huy động hàng trăm chiếc thuyền chở lương thực giúp quân Tây Sơn.
Có thể nói, trong các thế kỷ XVI-XVIII, tình hình chính trị biến động rối ren, để duy trì và bảo vệ cuộc sống của mình, người nông dân Sơn Nam phải tự mình lo mở rộng các công trình thuỷ lợi, bảo vệ đê điều và tăng cường khai hoang mở rộng diện tích canh tác. Về kinh tế thủ công nghiệp, nhiều nghề vốn đã có ở Nam Định từ sớm như dệt vải ở Thiên Bản, nghề làm đồ mộc ở La Xuyên, rèn Vân Tràng, nghề đóng thuyền ở Giao Thuỷ, nghề dệt chiếu, nghề làm gạch ngói đặc biệt là nghề làm muối ở dải bờ biển phủ Thiên Trường, Nghĩa Hưng… đến thế kỷ XVI đã có bước phát triển vượt bậc. Bên cạnh những ngành nghề truyền thống, có một số nghề mới được nhập vào. Chẳng hạn nghề đan lát tại làng Vĩnh huyện Ý Yên cuối thế kỷ XVII. Nam Định có một mạng lưới chợ khá dày đặc, nổi lên giữa một mạng lưới chợ và thị trường địa phương rộng lớn ấy là một số đô thị đang hình thành và phát triển. Ở hai xã Tức Mặc và Năng Tĩnh, thuộc huyện Mỹ Lộc đã xuất hiện và phát triển một khu thương mại đó là chợ Vị Hoàng. Tại đây cũng hình thành một số dãy phố chính như phố Vị Hoàng, phố Đông Mặc, phố chợ Kim Lũ. Phía giáp bờ sông Đào, nơi bến Đò Quan có phố Hàng Thóc, phố Bến Ngự. Vào sâu, về phía tây có phố Hàng Đồng, Hàng Tiện, Hàng Sắt… Có thể nói, Vị Hoàng bước đầu trở thành một khu đô thị mà phần thị đang có xu hướng phát triển hoà nhịp với một loạt đô thị ven sông biển vào thế kỷ XVII-XVIII ở Bắc Bộ. Theo thống kê, trong khoảng thời gian dưới triều Mạc và Lê - Trịnh, đất Nam Định có 26 người đỗ đại khoa (tiến sĩ trở lên). Trong đó nhiều nhất là huyện Nam Trực (11 người), tiếp đó là huyện Ý Yên (4 người) rồi đến huyện Nghĩa Hưng (3 người). Trong số 3 vị Trạng nguyên người Nam Định, có một vị đỗ đạt và làm quan dưới triều Mạc. Đó là Trạng nguyên Trần Văn Bảo (1524-1586). Ông quê ở làng Cổ Chử, huyện Giao Thuỷ (nay thuộc xã Hồng Quang, huyện Nam Trực). Ông đỗ năm Canh Tuất (1550), khi 27 tuổi, được phong tước hầu, làm quan đến chức Thượng thư bộ Lại, đã từng được cử đi sứ nhà Minh./.
PV
Theo “Địa chí Nam Định”